De fokkerij heeft als doel om de genetische vooruitgang van elke populatie rasechte varkens (DanAvl Landrace, DanAvl Yorkshire en DanAvl Duroc) te garanderen en vindt op 25 fokbedrijven plaats. Alle dieren in het fokprogramma zijn gekoppeld aan een index die het geschatte genetische niveau van de dieren weergeeft. De fokkers selecteren zelf uit hun eigen varkens de beste zeugen en gebruiken de beste beren die binnen het systeem beschikbaar zijn om de volgende generatie rasechte fokdieren te produceren. 

De beste beren binnen het systeem zitten op de KI-stations, waar sperma bij ze wordt afgenomen dat vervolgens naar de fokbedrijven wordt gedistribueerd. Alle fokbedrijven hebben gelijkmatig toegang tot sperma. Om de toename van inteelt te beperken, bestaat er een quotum wat betreft de hoeveelheid worpen die een beer op een bepaald fokbedrijf mag voortbrengen.  De beperking die voor het betreffende fokbedrijf geldt, hangt af van het aantal zeugen binnen het varkensbedrijf waarvoor een contract is gesloten. Daardoor is er in de praktijk geen verschil in het gebruik van beren op de betreffende fokbedrijven. 

De fokker selecteert de zeugen en jonge zeugen uit zijn eigen varkens omdat er gewoonlijk geen uitwisseling van levende varkens tussen de fokbedrijven plaatsvindt. Daardoor moeten de juiste moederdieren geselecteerd en gedekt worden. De individuele fokbedrijven onderscheiden zich van elkaar door de eigenschappen van de zeugen en de worpen die ze krijgen. Hoe beter de gegevens die de fokker aanlevert, zijn, hoe meer zekerheid de indexberekening op grond waarvan de fokwaarde van het fokdier geschat kan worden, biedt. 

Het Pig Research Centre selecteert op basis van de indexberekening de beste beren, die vervolgens op de KI-stations worden gebruikt. De beren komen van het proefstation in Bøgildgård, Denemarken, of direct van de fokbedrijven. Hierbij wordt ervoor gezorgd dat alle fokkers gebruik kunnen maken van de beste beren. Dit is noodzakelijk om te garanderen dat binnen het systeem de meeste vooruitgang wordt gerealiseerd. De fokkers concurreren intern met elkaar om zo veel mogelijk beren aan de KI-stations te kunnen leveren. Een beer die voor kunstmatige inseminatie wordt gebruikt, biedt namelijk veel potentieel rendement. Het fokprogramma is dus zo opgezet dat de fokkers altijd een stimulans hebben om dieren met de hoogst mogelijke index te selecteren. Om zich met elkaar te kunnen vergelijken, gebruiken de fokkers de zogenoemde ‘Breeding Hit List', een ranglijst waarop de fokbedrijven op grond van hun genetisch niveau zijn geplaatst.


Onderstaande afbeelding laat de genenstroom binnen het DanAvl-fokprogramma zien.